Distrutta dai Goti, insieme alla città, nel 541, la Basilica sarebbe stata ricostruita in due fasi, nel 625-632 e nel 642-648. Intorno al 630 l'edificio fu affidato ai Benedettini.

Nel 742 vi sarebbe avvenuto, secondo quanto riferito dal Liber Pontificalis, l'incontro tra il papa Zaccaria e Liutprando, il re dei Longobardi, narrato, tra l'altro, dal Pozzi nella sua Storia di Terni nei termini seguenti: 

"È un giorno di venerdì. Dinanzi alla basilica di San Valentino si trova Liutprando con la sua Corte e con le rappresentanze del suo esercito accampato nei dintorni. Il sole sfolgora nell'azzurro del cielo e sul verde dei prati. Le armi dei cavalieri scintillano.
Sull'ingresso sono spiegati tappeti e paramenti. Ecco, da lontano, una nube di polvere si solleva: è il corteggio papale: dal sacro «pallio», cui danno risalto le porpore cardinalizie. Liutprando si avanza, si inginocchia e fa atto di omaggio. Quindi, i due personaggi entrano insieme nelle Basilica a venerare il corpo del santo martire Valentino.

Lo spirito del Protettore di Terni sembra che aleggi propiziatore delle fortune d'Italia alle menti, ai cuori delle milizie e della popolazione, stupefatte e devote. ...  

Il giorno appresso Liutprando fa donazione alla Chiesa non solo delle quattro città antecedentemente promesse ma anche della Sabina, di Narni, Osimo, Ancona ed altre terre. L'atto solenne, giurato sotto la Maestà di Dio, reca la data del 3 agosto 742".

Dalla metà del secolo VIII fino ai primi anni del XIII Terni conobbe un periodo di crisi e abbandono, dovuto anche all'assenza di un vescovo residenziale, e pure l'edificio dedicato a Valentino ne risentì, diventando oggetto di scorrerie.

Non facilmente ricostruibili restano comunque le vicende che hanno contrassegnato la vita della Basilica fino al 1605, anno in cui, per volontà del Vescovo Giovanni Antonio Onorati, che aveva a sua volta ottenuto l'assenso del papa Paolo V e i contributi finanziari da parte del Comune, furono iniziati gli scavi per la ricerca del corpo del Santo Martire, che venne alla luce il 21 di giugno.

Il Costanzi, nel suo Compendio storico della basilica di S. Valentino, riporta la descrizione dell'avvenimento "tradotta dall'Istromento latino dei 23 Luglio del 1605, che fu rogato sulla faccia del Santuario dal Notaro Interamnate Ettore Enrico", che cosi recitava: "Profondatosi il cavo perpendicolare più intimamente, apparve sotto l'altare inferiore un'Arca di piombo attorniata da ogni lato da quadrati di marmo grezzi all'esterno ed impoliti, al di dentro però egregiamente travagliati ed alla testa si trovò una lapide, ove rimaneva scolpito con antica manifattura il trofeo della santa croce.
 Allora il Vescovo convocò la Magistratura di Terni ed altri primari Cittadini e Giureconsulti unitamente al Rmo Capitolo della Cattedrale, e vestitosi di abiti pontificali, previe alcune orazioni, comandò l'apertura del Sarcofago. Memorabile istante, in cui si destò nei petti dei Municipali Interamnati per la prima volta l'entusiasmo di ascrivere nell'albo de'loro Cittadini allettizj il Vescovo S. Valentino Seniore, e d'impegnarsi poi a riconoscerlo in principale patrono! mentre nel corso di tanti secoli anteriori lo avevano del tutto negligentato! Rimosso il coperchio, si vide che l'acqua di un rivolo defluente all'esterno della muraglia del coro aveva penetrato al di dentro, coacervando alle sagre ossa una glutine notabile di terra, porzione della quale fu divisa fra gli astanti, ed altra riservata all'effetto di situarla sotto l'Altare Maggiore della cadente Basilica. Si riconobbero poscia quasi tutte le ossa principali e minori del sagro corpo, e la testa disgiunta dalle braccia stava al lato in cui nella Lapide di marmo corrispondeva al di fuori inciso il legno trionfante della Croce: ma il cranio non era totalmente intero; e molti candidissimi denti ... si osservarono sparsi dentro l'Arca probabilmente per la inondazione delle acque. Essendo stato il tutto raccolto colla massima diligenza ed ossequio, fu quindi sigillato da Monsignor Onorati in un continente di legno guarnito di ricco addobbo per eseguirne la festiva traduzione alla Cattedrale".

Il corpo di Valentino fu portato in Cattedrale, ma questo fatto creò molto malcontento e la Sacra Congregazione dei Riti, soprattutto per volontà del suo Prefetto, il Cardinale Camerino, si espresse contro la traslazione del corpo stesso dal luogo in cui era stato ritrovato: l'antichissima Basilica del Santo non doveva essere privata della preziosa reliquia che lì era sempre stata conservata.  

Così si decise che la somma in denaro già stanziata per la celebrazione di feste in onore del Santo fosse destinata interamente alla ricostruzione della Basilica, al fine di ricollocarvi le spoglie mortali di Valentino, restituendole in tal modo al loro primitivo sepolcro.
Fu anche deciso che la Basilica sarebbe stata affidata ai Padri Carmelitani Scalzi. Il Cardinale Aldobrandini aveva suggerito infatti di chiamare a custodire la Basilica e il corpo di San Valentino alcuni Carmelitani, per ì quali avrebbe dovuto essere preparata un'adeguata abitazione. Il Superiore Generale dell'Ordine, Padre Ferdinando di Santa Maria, e il Primo Definitore Generale, Padre Pietro della Madre di Dio, vennero a Terni per vedere il luogo destinato all'edificazione del Convento che avrebbe dovuto ospitare ì loro confratelli, e si dichiararono assai contenti.
Così, l’11 gennaio 1606 Paolo V, con il Breve Ex iniuncto nobis, indirizzato al Vescovo di Terni Monsignor Giovanni Antonio Onorati, autorizzò la ricostruzione della Basilica e l'edificazione di un Convento che potesse ospitare almeno dodici Carmelitani Scalzi.

Il 22 luglio 1618 avvenne la solenne traslazione del corpo di Valentino nella Basilica, e con ogni probabilità la cassa che lo conteneva fu posta sotto l'altare maggiore, nella Cripta, in un posto sicuro ma non facilmente visibile.
 

Dal 1626 al 1630 furono attuati i lavori di ricostruzione dell'edificio sacro secondo l'impianto ancora oggi visibile, ovvero quello a un'unica navata con quattro cappelle laterali.
L’occasione fu offerta dal breve soggiorno a Terni dell'Arciduca Leopoldo d'Austria, devoto del Santo ternano, di cui possedeva una reliquia, e legato da stretti vincoli di amicizia con i Padri Carmelitani: egli si impegnò a devolvere una somma per la costruzione di una cappella che fosse adatta ad accogliere i resti mortali di San Valentino. L’Arciduca fu molto generoso ed elargì in un primo tempo circa 2000 scudi di moneta romana, ai quali, susseguentemente, aggiunse quanto necessario per portare a compimento l'opera. E il 20 luglio 1630 la nuova basilica venne benedetta. Nel settembre del 1642 il Consiglio cittadino, per ottemperare alla richiesta fatta dalla Sacra Congregazione dei Riti di scegliere un unico patrono per la città, con 42 voti su 43 espresse la propria preferenza per San Valentino, contrapponendosi con tale decisione allo stesso clero, che aveva invece optato per Sant'Anastasio, le cui spoglie erano venerate nella chiesa Cattedrale. Un Decreto del 5 marzo 1644 sancì che Valentino fosse il patrono principale di Terni.

Nel 1693 i Padri che custodivano la basilica avanzarono al Comune di Terni una richiesta, con la quale si sollecitava un contributo da parte dell'amministrazione cittadina per finanziare le ricerche del corpo del Santo, del quale evidentemente sì dovevano essere perse le tracce; ecco quanto annota in proposito Padre Pancrazio Recchia, che alla Basilica ha dedicato ampi e approfonditi studi: "Poiché si era smarrita l'ubicazione del corpo del Santo Vescovo e martire Valentino, sollecitavano dal Comune un contributo per eseguire lavori di scavo necessari per ritrovare il corpo del Santo. Cosi riferiscono le "Riformanze" (L. IV, par. 234) in data 8 marzo 1693: «Non erano ancora decorsi 76 anni (dal 1618) da quando il corpo di S. Valentino era stato trasferito in Cattedrale e da qui nella sua Basilica titolare ( ... ) che li RR. PP. di S. Valentino, desiderosi di augmentare la devotione di detto S. Protettore della nostra città, hanno determinato di ritrovare il corpo di esso Santo... per esporlo poi a pubblica vista nel medesimo loco (sotto l'altare maggiore) col farci qualche adornamento assai decente, ma perché non si sa il loco preciso et si dubita che sia dì rompere sotto l'altare maggiore per ritrovarlo in più lochi e riattarli e rimetterli nel pristino stato per mantenimento di detto Altare faccino bisogna di scudi 50, fanno istanza per qualche aiuto di denaro per fare un'opera tanto pia ... ». Il Comune assegnò «Scudi 25 senza l'intervento del Vescovo e del Magistrato: che quattro Deputati assistessero di continuo e per turno ai lavori ed escavationi che erano da farsi ... ». ... È certo ... che i Padri di S. Valentino non sanno più dove sono custodite le spoglie del Santo. Pensiamo che i lavori eseguiti per la costruzione di qualche altare, oltre l'Altare Maggiore, abbiano determinato un notevole accumulo di materiale di riporto, tale da coprire la Cripta con la Cassa di marmo che racchiudeva le spoglie di S. Valentino. Nel corso dell'anno 1693 fu ritrovato il corpo del Santo. Nella deliberazione dell'11 Novembre 1693, il Comune decretava che fossero stanziati 300 scudi «secondo il disegno e nobil pensiero che hanno li SS.ri Deputati ricordando a ciascuno che questo glorioso Santo protegge tutte le actioni di questa città» (Riformanze, L. IV. par. 236). La deliberazione è preceduta da questa notizia «... Essendo stato rinvenuto il Sacro Corpo del Nostro Protettore ... » e dalla decisione «di porlo a pubblica venerazione in luogo e nel modo più conveniente»(ib.)".

Fu quindi stabilito di far modellare un sarcofago d'argento entro cui riporre il corpo del Santo, di costruire una cassa di bronzo dorato con cristalli, un deposito e un altarino in pietra dove collocare la cassa, e infine una balaustra di pietra e ferro.
Questo importante avvenimento è opportunamente ricordato in un saggio di Maria Laura Moroni, che ne parla nei termini seguenti: "Più di mille scudi spese il Comune per costruire la nuova sistemazione a vista su disegno del primo architetto di Roma, Carlo Fontana. La cifra era stata stanziata nel corso del 1696 ed i lavori erano ancora in corso nel 1698 quando dovette essere smontato un preesistente arco in stucco fatto fare senza l'appoggio del Comune, per sostituirlo con un arco di marmo. Nel frattempo venivano prese decisioni per la festa solenne della nuova traslazione del corpo, consistente in una processione con partenza dalla basilica, percorso cittadino e ritorno alla stessa. Il percorso doveva essere segnato da tre arche trionfali ed allietato da musici e mortaretti; per il trasporto dell'urna del santo prevista una macchina e un "baldachin nobile non secondo di Terni ma secondo le specie romane e delle città nobili dovendo questo servire per una funtione straordinaria". La festa ebbe luogo il 29 settembre 1699 e se ne pubblicò la relazione a stampa".
Una breve ma significativa sezione di questo "escursus" è da dedicare alla donazione di alcune reliquie del Santo da parte del Comune.
Il 21 luglio 1618 il Vescovo di Terni, Monsignor Clemente Gera, fece redigere l'Istrumento di donazione della Basilica e del convento di San Valentino ai Padri Carmelitani Scalzi.
Il Comune, che deteneva la proprietà della chiesa valentiniana, in seguito a questa donazione ne perdeva il possesso, pur rimanendo proprietario del corpo del martire e, pertanto, detentore della facoltà di donare le reliquie. Appare assai opportuno ricordare quanto Padre Recchia afferma al riguardo:
"Già nell'Istrumento di donazione del 1618, viene dichiarato che «un osso del braccio o altro venga concesso alla Chiesa Cattedrale di Terni".
Una parte del cranio del santo Martire Valentino era stata donata nel 1300 da un Re di Francia agli antenati dell'Arciduca Leopoldo d'Austria, fratello di Massimiliano e Federico Imperatori. Lo attestò nel 1625 lo stesso Arciduca Leopoldo passando per Terni ed anzi assicurando che la preziosa reliquia era conservata religiosamente nel suo Oratorio privato.
Con varie e distinte deliberazioni del Comune di Terni, alcune reliquie furono donate ad una città dell'Impero Austriaco ove veniva eretto un tempio in onore del Santo Vescovo e Martire; altre al Duomo di Foligno, spiritualmente gemellata alla Basilica di S. Valentino per avere il Vescovo di Foligno, S. Feliciano, consacrato nel 197 il giovane Valentino come Vescovo di Terni.

 
Così lasciò documentato Ludovico Silvestri nelle sue "Riformanze della città di Terni". Non trova invece riscontro nella stessa opera la notizia fornitaci dall'estensore dell'Inventario del Convento di Terni ("Stato in cui si ritrova il Convento in quest'anno 1753") nel quale si parla di reliquie conservate nel Duomo di Matelica, nelle Marche, ove i religiosi Carmelitani Scalzi o Teresiani avevano un Convento dedicato ai SS. Teresa e Valentino. Non è, però, improbabile. Ci sembra, infatti, che non poteva il Comune di Terni mostrarsi poco generoso verso i PP. Carmelitani Scalzi che erano da più di un secolo custodi della Basilica di S. Valentino.
Nella sua "Storia di Terni ", Francesco Angeloni riferisce del dono dì un dente di S. Valentino fatto da D. Angelo Tramazzoni, Parroco di S. Giovanni Evangelista in Terni, all'Arciduca Leopoldo d'Austria".

Molte e sufficientemente documentate sono le vicende successive che hanno interessato la basilica di San Valentino, ma esse, assai significative di per sé, non lo sono in questa sede e in relazione alle finalità che questo lavoro si prefigge; mi preme però sottolineare, a conclusione del presente escursus, il fatto che dalle vicende del tempio valentiniano emerge con chiarezza la centralità che esso ha sempre rivestito per la città di Terni e per i suoi abitanti.

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